單細胞基因組學技術目前正應用得如火如荼，比如單細胞RNA測序(scRNA-seq)和染色質轉座酶可接近性測序(ATAC-seq)。與傳統的大量細胞測序方法相比，單細胞基因組學技術突出了細胞之間的差異，有助于更深入地了解樣本材料。例如，scRNA-seq能夠比較健康和疾病狀態下的轉錄圖譜，而ATAC-seq能夠說明染色質可接近性及其對基因表達的影響。
不過，此類研究都需要對分離的細胞核進行準確計數，因為文庫制備的要求是未裂解細胞的數量低，且樣本中不含細胞團塊和碎片。此外，許多單細胞基因組學技術都需要完整的細胞核才能正常運行。
臺盼藍染色法：
臺盼藍染色是常用的對死活細胞進行分別計數的方法之一，染色原理是臺盼藍不能透過活細胞完整的細胞膜，故活細胞不著色；而死亡細胞的細胞膜損傷，染料透過細胞膜在細胞內富集而使細胞著藍色。不過，臺盼藍染色并不一定能準確分辨有核細胞和細胞碎片，因此它往往低估細胞總數而高估細胞活力。
熒光細胞計數方法：
吖啶橙/碘化丙啶(AO/PI)染色原理：活細胞經AO染色發出綠色熒光，而死細胞經PI染色發出紅色熒光。重要的是，對背景復雜的細胞，比如說外周血單個核細胞，含有細胞碎片較多或成簇的細胞計數，避免了細胞碎片的檢測。這種方法最近也應用在單細胞基因組學應用上，其中綠色對應了完整細胞，而紅色對應了成功分離的細胞核。這種策略讓研究人員能夠計算未裂解的殘留細胞占總細胞數的百分比，同時對細胞核進行計數，提示樣本質量，幫助研究人員確定是否繼續進行單細胞基因組學流程。
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